清政府在经过一场所谓"海防和塞防密瓜"的争论之后，西北防务生新得到清统治者的关注和重视。光绪元年（1875年），陕甘总督左宗棠受令以钦差大臣督办新疆军务。清军入疆顺应历史潮流，得到新疆各族人民的拥护和支持。至光绪三年底，清军已陆续收复到天山南部诸地，阿古柏的侵略政权覆没。

　　光绪七年二月，清政府使臣曾纪泽（曾国藩之子）经过与沙俄艰苦的外交斗争，几经周折，终于达成《中俄伊犁条约》，条约议定次年沙俄军队撤出伊犁，中国以赔款和允许俄商在新疆贸易不纳税，俄国在嘉峪关和吐鲁番设领事作为代价。1882年，伊犁终于回到祖国的怀抱。

　　光绪十年（1884年），清政府发布新疆建省上谕，刘锦棠被任命为首任新疆巡抚。将迪化直隶州升为府，新疆军政中心由伊犁移到乌鲁木齐。实行以军府制为主体的多元性行政管理体制到单一郡县制的转换，使新疆行政建置与内地趋于一致。

　　清朝对新疆的经营，无论是规模和范围皆远胜从前历代，社会经济得到前所未有的进步和发展。1、屯田戍边，农垦事业规模空前。2、移民及人口增长。3、矿产资源的开发利用进入一个新的时期。4、商业贸易有一定发展。5、兴办各种文化教育事业。

　　清王朝进入公元20世纪后，已是穷途末路，气数临近，资产阶级革命运动日益高涨。革命党人的足迹，也踏上新疆的土地。1911年10月武昌起义不久，新疆革命党人刘先俊等人计划于迪化城策动起义。因叛徒出卖而失败。翌年，以杨缵绪、冯特民、李辅黄为首的革命党人在伊犁起义成功。宣告清朝在伊犁反动统治的结束。之后因清朝宣统皇帝退位，袁世凯命杨增新为新疆都督，杨增新采用软硬兼施的手段，迫使革命党人妥协，资产阶级领导的伊犁起义失败。但伊犁起义作为新疆各族人在资产阶级革命影响下发动的旨在推翻清王朝，埋葬封建专制制度的伟大革命斗争功不可没。 伊犁起义还激发了新疆各族人民反帝爱国斗争的热情和斗志。

　　杨增新窃取伊犁起义成果，担任新疆都督后，实行专制独裁统治，制造民族不合，推行愚民政策，镇压不同意见。遭到社会各界的反对。在统治新疆17年后，终于死于统治集团内讧。1928年，愚昧不堪的金树仁继新疆都督，社会动乱进一步加深。1933年末，金树仁被迫出逃。阴险狡诈的封建军阀盛世才接任都督，开始他长达10年之久的反动统治。

　　1933年是新疆的多事之秋。以穆罕默德·伊敏为首的大突阙主义分子妄图分裂祖国，破坏国家统一，但由于人心向北，几个月后就覆灭了。

　　盛世才是一个典型的反动政客。摆出一付积极治理新疆的虚伪面孔，积极发展同苏联的联系，妄图利用苏联人的支持保持自己"新疆王"的独裁地位。在一些进步青年的影响和苏联的帮助下，盛世才于1936年形成"反帝、亲苏、民平、清廉、和平、建设"的"六大政策".1937年，卢沟桥事变后，中国共产党为了团结一切力量共同抗日，同盛世才结成抗日民族统一战线。1937年10月，盛世才同意我党在迪化成立八路军办事处，滕代远任主任。随后，党中央派遣了一百多位党员来疆工作。

　　中国共产党人在新疆工作取得的成就使盛世才十分不安，1939年有意制造摩擦，冷淡关系。1941年德国法西斯发动侵苏战争，盛世才错误估计形势，公开与苏联、中共彻底决裂。制造所谓"四一二阴谋暴动案"捕杀中共党员，残酷杀害陈潭秋、毛泽民、林基路等中共党员，抛弃六大政策，投向国民党蒋介石。

　　新疆沦入国民党反动统治之下后，各族人民生活日益恶化，阶级矛盾，民族矛盾更加尖锐。政治局势的恶化孕育了三区革命风暴。

　　三区革命是在国内外形势影响下，在苏联的支持和进步知识分子领导下的新疆各族人民反对盛世才和国民党反动统治的民族解放运动。