黄摩西和挚友庞树柏兄弟一起，曾在苏州组织“三千剑气文社”.所谓“三千剑气”,是指春秋时期吴王阖闾死后葬于虎丘山，以鱼肠、扁诸等宝剑三千殡葬的传说。至1909年，柳亚子、陈去病、高旭等人在苏州发起组织文学革命团体--“南社”,黄摩西随即偕“三千剑气文社”全体社员一同加入。

　　在南社的文学创作群中，黄摩西以文学鼓吹革命，或创作、或评论、或翻译，一身几任，成为南社早期的重要骨干。黄摩西不但在《南社丛刊》上发表了大量的诗词作品，更是南社中为数不多的着名小说家之一，被人称为南社中“天煞星黑旋风李逵”,又有“近代浪漫诗人之魁首”的称呼。

　　后来，黄摩西与王文濡、沈粹芬在上海创办了“国学扶轮社”,与当时章太炎、刘师培创办的“国粹学报社”相应。当年5月，由严复作序、国学扶轮社出版的《普通百科新大词典》，就是在黄摩西不辞辛苦的努力下编撰的一部大型工具书。该书共15册，分政治、教育、格致、实业四大类，包括文、理、工、医、农、军、法、商、宗教和艺术等66门现代学科，合计11865条，约120万字，被称为中国现代意义上的第一部百科全书。

　　“奋然欲有树立”的黄摩西，对民初政局忧心关切，深为忧伤而激愤。1913年10月间，病逝于常熟老家，年仅48岁。故旧友朋无不为之哀伤。黄摩西逝世后，章太炎、曾朴、吴梅、李烈钧、柏文蔚、胡汉民等时贤名流的数百多副挽联纷纷而至，以示缅怀。

　　当时范烟桥所编的《苏州明报》以相当大的篇幅推出“黄摩西专号（版）”.南社创始人高旭诗挽：“恨无飞扬路，恸哭看山川。奇人合奇死，所蕴勿获宜。云梦吞八九，剑气摩三千。”